Desde junio de 2013 la Agencia Tributaria ha estado vigilando todos los pasos de Borja Thyssen. Tal como hoy publica El Confidencial, y siempre según fuentes próximas al juzgado madrileño de Pozuelo de Alarcón, la abogacía del Estado (la cual representa a Hacienda) pide para el hijo de Tita Cervera tres años de cárcel por defraudar 630.000 euros en los impuestos de la renta y el patrimonio de 2007. Ese mismo año, entre otros cuantiosos ingresos, se incluyen los 300.000 dólares de adelanto que recibió del pacto de Basilea (el reparto de la herencia del barón Thyssen).
Según sospechas del fisco, Borja fingió que vivía en Andorra para eludir el pago de dichos impuestos. Todo aquel que quiere mantener una residencia fiscal en el extranjero tiene que demostrarlo con una serie de documentación que certifique que se ha estado más de la mitad del año, 183 días, fuera de España. Por ese motivo la Oficina Nacional de Investigación del Fraude (ONIF) ha requerido a las empresas de guardaespaldas de Borja sus estancias en España para determinar que no pasó medio año en el Principado.
Según el abogado de Borja Thyssen, Pedro Mejías, su representado en 2007 “no ostentaba la cualidad de residente fiscal en España”. Más allá de negar todas las acusaciones, asimismo, Mejías ha añadido a El Confidencial que “el escrito de acusación de la Abogacía del Estado es incorrecto e impreciso en muchos de sus extremos, como se argumentará en el correspondiente escrito de defensa. Adicionalmente, la actuación de la AEAT que dio origen al procedimiento en relación con dicho ejercicio fue completamente ilegal, motivo por el cual esta parte efectuó la correspondiente reserva de acciones e inició los correspondientes procedimientos administrativos contra tal actuación”.
Independientemente de este problema con Hacienda, Borja también tiene abierto otro procedimiento penal en los juzgados de Pozuelo por el impuesto sobre la renta de 2010.